ด่านศุลกากรบ้านดอนตั้งอยู่บริเวณปากแม่น้ำตาปี ตำบลบางกุ้ง อำเภอเมืองสุราษฎร์ธานี
จังหวัดสุราษฎร์ธานี มีพื้นที่ความรับผิดชอบทั้งสิ้น 18 อำเภอ ในจังหวัดสุราษฎร์ธานี
(ยกเว้น อ. เกาะสมุย - อยู่ในพื้นที่ความรับผิดชอบของด่านศุลกากรเกาะสมุย)
และสนามบินศุลกากรท่าอากาศยานนานาชาติสุราษฎร์ธานี
สินค้าที่นำเข้ามาหรือส่งออกทางด่านศุลกากรบ้านดอนจะใช้การขนส่งทางเรือ
เป็นช่องทางหลัก สินค้าส่งออกที่สำคัญ ได้แก่ แร่ยิปซัม แร่แอนไฮไดรต์
และน้ำมันปาล์ม ส่วนสินค้านำเข้าที่สำคัญ ได้แก่ ถ่านหิน ยางมะตอย
และแก๊สแอมโมเนียเหลว
นอกเหนือจากการให้บริการทางศุลกากรเกี่ยวกับการนำเข้าและส่งออกสินค้าแล้ว
ยังปฏิบัติภารกิจ ณ ท่าอากาศยานานาชาติสุราษฎร์ธานี ได้แก่ การตรวจปล่อย
ของติดตัวผู้โดยสาร การจัดเก็บภาษีอากรสำหรับของติดตัวผู้โดยสาร และการ
ให้บริการศุลกากรเกี่ยวกับการคืนภาษีมูลค่าเพิ่มสำหรับนักท่องเที่ยวอีกด้วย