ในปี พ.ศ. 2527 กรมศุลกากรได้ออกประกาศกรมศุลกากรที่ 67/2527 ลงวันที่ 23 กรกฎาคม พ.ศ. 2527 ยกเลิกด่านตรวจและที่ทอดเรือภายนอกเกาะปราบของด่านศุลกากรบ้านดอนซึ่งได้จัดตั้งขึ้นตามประกาศกรมศุลกากรที่ 2/2490 ลงวันที่ 19 พฤศจิกายน พ.ศ. 2490 เนื่องจากปัจจุบันบริเวณนี้ได้ตื้นเขิน เรือต่างประเทศไม่สามารถจอดลอยลำเพื่อรายงานเรือเข้าต่อด่านตรวจได้ จึงไม่มีความจำเป็นต้องใช้งานต่อไป
ต่อมาเมื่อวันที่ 10 กันยายน 2527 ด่านศุลกากรบ้านดอนได้ย้ายที่ทำการไปตั้งอยู่บริเวณปากน้ำตาปี ต.บางกุ้ง อ.เมืองสุราษฎร์ธานี จ.สุราษฎร์ธานี เนื่องจากมีบริเวณที่กว้างขวางกว่า และเป็นที่สง่างามกว่า อาคารหลังนี้ จึงได้โอนที่ตั้งด่านศุลกากรบ้านดอนเดิมคืนกรมธนารักษ์ (ปัจจุบันใช้เป็นที่ทำการของหน่วยอุทยานแห่งชาติหมู่เกาะอ่างทอง)
อาคารด่านศุลกากรแห่งใหม่นี้ สร้างในพื้นที่ 4-1-66 ไร่ บริเวณปากแม่น้ำตาปี ต.บางกุ้ง อ.เมืองสุราษฎร์ธานี จ.สุราษฎร์ธานี มีลักษณะตัวอาคาร ก่ออิฐถือปูนชั้นเดียว ขนาดพื้นที่ 178.50 ตารางเมตร ขึ้นทะเบียนที่ราชพัสดุ แปลงหมายเลขทะเบียนที่ สฎ 87 ใช้งานจนถึงปี พ.ศ. 2558 รวมระยะเวลา 31 ปี
และในปี พ.ศ. 2558 กรมศุลกากร ได้รับจัดสรรงบประมาณรวมทั้งสิ้น 75 ล้านบาท เพื่อก่อสร้างอาคารด่านศุลกากรบ้านดอนหลังใหม่ พร้อมสิ่งปลูกสร้างประกอบ 1 แห่ง บนพื้นที่เดิม เพื่อเพิ่มศักยภาพในการให้บริการประชาชนรองรับการเข้าสู่ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (AEC) ของประเทศไทย และได้ดำเนินการก่อสร้างเสร็จสิ้นเรียบร้อยแล้ว เมื่อวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2560 ที่ผ่านมา